على الرغم من دورها في زيادة التركيز وتزويد الجسم بالطاقة والنشاط، إلا أن تناول القهوة على الريق ينطوي على مخاطر صحية عدة، منها:
1- التأثير في مرضى السكري: يمكن للكافيين الموجود في القهوة أن يُغيّر الطريقة التي يتعامل معها جسم المُصابين بالسكري مع السكر في الجسم، كما وُجِد أنّ الكافيين يُسبّب زيادةً وكذلك انخفاضاً في نسبة السكر في الدم، ولذلك ينبغي استعمال الكافيين بحذر بالنسبة لمرضى السكري.
2- زيادة القلق: تناول كميات كبيرة من القهوة قد يؤدي إلى القلق، حيث وجدت إحدى الدراسات التي أُجريت على 25 رجلاً سليماً أنّ أولئك الذين تناولوا ما يُقارب 300 مليغرامٍ من الكافيين قد عانوا من الإجهاد بنسبةٍ تُعادل الضعف مقارنةً بالأشخاص الآخرين.
3- زيادة خفقان القلب: إذ يؤدي تناول جرعاتٍ كبيرةٍ من القهوة إلى زيادة نبضات القلب أو ما يُعرف بالرجفان الأذيني وخاصةً لدى الشباب ذوي الأعمار الصغيرة، ولذلك ينبغي عند الشعور بزيادة معدل نبضات القلب إثر تناول جرعةٍ عاليةٍ من الكافيين الإسراع في التخفيف منها.
4. التأثير في صحة العظام: حيث يتسبّب تناول الكثير من الكافيين بفقدان كمياتٍ أكبر من الكالسيوم من الجسم، ممّا يؤدي إلى زيادة فرصة الإصابة بهشاشة العظام، وخاصةً إذا كان الشخص يتناول المشروبات المُحتوية على الكافيين بدلاً من الحليب.