يعتبر الليمون آمناً بالنسبة للمرأة الحامل عند استخدامه بالكميات الطبيعية في الطعام كجزء من النظام الغذائي الصحي، إلا أنّه لم يُعرف بعد إن كان من الآمن استخدامه بالكميات الكبيرة خلال فترة الحمل والرضاعة، وفيما يلي ذكر بعض التأثيرات الجانبية التي قد يسبّبها استخدام الليمون في حالات معينة:
يمكن أن يؤدي وضع الليمون على البشرة إلى زيادة فرصة الإصابة بحروق الشمس، خاصة بالنسبة للأشخاص ذوي البشرة الفاتحة.
يمكن أن يؤدي تناول عصير الليمون أو الماء مع الليمون بشكل كبير إلى ضرر بمينا الأسنان مع مرور الوقت، ولتجنب هذا التأثير يمكن شرب عصير الليمون بالقشة، وغسل الأسنان بالماء فقط بعد شربه.
يؤثر الليمون بشكل سلبي على مجموعة من الأشخاص، وذلك بسبب حموضته العالية، لذا يجب تجنب الليمون وعصيره للأشخاص الذين يعانون من:
قرحة الفم؛ حيث إنَّه يمكن أن يسبّب شعوراً بالوخز واللسعة في الفم.
حرقة المعدة، حيث إنَّ تناول الليمون وغيره من الفواكه الحمضية مثل عصير البرتقال وعصير الكرز يمكن أن يسبّب حرقة المعدة، ويُعد أحد أعراض مرض الارتجاع المِعَدي المريئي.